Smyslem Akademické prémie, jako přísně výběrového nástroje finanční a morální podpory vědecké excelence v Akademii věd ČR, je podpořit vynikající vědecké osobnosti, které jsou nositeli výzkumu na špičkové mezinárodní úrovni, a vytvořit jim takové podmínky, v nichž by mohli lépe rozvinout svůj potenciál ve prospěch Akademie věd ČR a celé české vědy. Návrhy na udělení Akademické prémie podávají ředitelé pracovišť AV ČR a předseda Vědecké rady AV ČR.